長期優良住宅・低炭素住宅・ZEH水準省エネ住宅を新築または取得した方は、住宅ローン控除に加えて「認定住宅新築等特別税額控除」が利用可能。標準的な性能強化費用相当額の10%（上限65万円）が所得税から控除される強力な制度です。
はじめに
「長期優良住宅にすると追加費用が出るが、税制優遇でカバーできる？」――高性能住宅の取得時には、住宅ローン控除（年末借入残高の0.7％）に加えて、認定住宅新築等特別税額控除という別枠の控除制度が利用できます。所得税から直接控除されるため、ローン控除と類似の効果を1回限りですが大きく受けられる仕組み。長期優良住宅・低炭素住宅・ZEH水準省エネ住宅の取得を検討中の方は必ず把握すべき制度です。本記事では制度の内容、対象住宅、控除額、住宅ローン控除との関係を整理します。
認定住宅新築等特別税額控除の概要
【制度の目的】
質の高い住宅（長寿命・省エネ・低炭素）の普及を促すため、認定住宅を新築・取得した方に税制優遇を行う制度。住宅ローン控除と別枠で1回限り適用可能。
【対象住宅】
1. 認定長期優良住宅
・耐震性、劣化対策、維持管理・更新の容易性、可変性、バリアフリー性、省エネルギー性、住戸面積、居住環境、維持保全計画など複数項目で長期にわたり良好な状態で使用するための措置が講じられた住宅
・所管行政庁の認定が必要
-
認定低炭素住宅
・都市の低炭素化の促進に関する法律に基づく認定（市街化区域内に建築するものに限る）
・省エネ基準を超えるエネルギー消費量削減効果がある住宅 -
ZEH水準省エネ住宅（特定エネルギー消費性能向上住宅）
・断熱等性能等級5以上かつ一次エネルギー消費量等級6以上の住宅
・住宅ローン控除では2024年〜2026年取得分から対象に追加
【控除額（2026年5月現在）】
標準的な性能強化費用相当額×10％ = 最大65万円
性能強化費用相当額は1㎡あたりの標準額×床面積で計算。住宅性能や面積により金額は変動しますが、一般的な戸建てなら55万〜65万円程度の控除になります。
例：苫小牧市内・長期優良住宅・床面積120㎡・性能強化費用相当額600万円
・控除額：600万円×10％＝60万円（上限65万円以下なのでそのまま）
・所得税が30万円なら30万円控除、残30万円は翌年の所得税から控除（繰越1年）
住宅ローン控除との関係
【住宅ローン控除との併用可否】
認定住宅新築等特別税額控除と住宅ローン控除は併用不可です。どちらか有利な方を選択することになります。
【住宅ローン控除の内容（認定住宅の場合・2026年取得入居）】
・借入限度額：長期優良住宅・低炭素住宅 4,500万円、ZEH水準省エネ住宅 3,500万円
・控除率：0.7％
・控除期間：13年
・最大控除額：長期優良住宅・低炭素住宅で約410万円、ZEH水準で約319万円
【選択の判断基準】
1. 住宅ローンを組む場合
住宅ローン控除のほうが多くの場合有利。借入限度額4,500万円、13年間で最大410万円の控除が可能。認定住宅特別税額控除の最大65万円より大きい。
-
住宅ローンを組まない場合（現金購入）
住宅ローン控除は使えないため、認定住宅特別税額控除を選択。最大65万円の控除を1〜2年で取り切れる。 -
借入額が小さい場合
住宅ローン控除の控除額が小さくなるため、認定住宅特別税額控除のほうが有利になる可能性。試算が必要。
【判断のためのシミュレーション】
・ローン借入3,000万円、13年間でローン残高2,400万→0万円と推移する場合
・住宅ローン控除合計：約180万円（おおまかな試算）
・認定住宅特別税額控除：60万円
借入額3,000万円程度ならローン控除のほうが有利ですが、ローンを組まない場合や借入が500万円程度なら認定住宅特別税額控除のほうが大きい可能性。
認定住宅取得のコストとメリットの試算
【長期優良住宅の認定取得コスト】
・認定申請手数料：5万〜10万円（自治体・物件規模により）
・性能評価書、設計図書作成費：10万〜20万円
・性能向上工事費（標準仕様より追加）：50万〜200万円程度
・合計：65万〜230万円程度の追加コスト
【長期優良住宅の税制・諸制度メリット】
1. 認定住宅新築等特別税額控除：最大65万円（住宅ローン控除と選択）
2. 住宅ローン控除の借入限度額上乗せ：一般住宅2,000万円→4,500万円（差額2,500万円分の控除拡大）
3. 不動産取得税の課税標準控除：1,200万円→1,300万円（差額100万円×3％＝3万円の節税）
4. 登録免許税の軽減：保存登記0.15％→0.1％（戸建ての場合）、移転登記0.3％→0.2％
5. 固定資産税の減額期間延長：5年（戸建て）または7年（マンション）の1/2減額（一般は3年・5年）
6. フラット35S（金利優遇）の利用可能
7. 地震保険料の割引：免震・耐震等級割引最大50％
【トータルメリットの試算】
苫小牧市内・新築戸建て・建物2,500万円・土地1,000万円のケース:
・認定取得コスト：100万円
・税制メリット合計：
- 住宅ローン控除拡大：150万円（一般→長期優良で借入限度4,500万円活用時）
- 不動産取得税軽減：3万円
- 登録免許税軽減：5万円
- 固定資産税減額延長：10万円（5年合計）
- 地震保険料割引：20万円（30年間）
・合計：約188万円
差し引き約88万円のメリット、加えて長期にわたる省エネ住宅の電気代節約効果（暖房費削減等）も期待できます。
申告手続きと注意点
【適用を受けるための申告】
住宅取得した年の翌年2月16日〜3月15日に確定申告。必要書類は:
・確定申告書
・認定通知書の写し（長期優良住宅認定通知書、低炭素建築物新築等計画認定通知書、住宅性能評価書）
・建物・土地の登記事項証明書
・売買契約書・工事請負契約書の写し
・住民票
・源泉徴収票
確定申告は住宅ローン控除の初年度申告と同じタイミング。両者を一緒に申告書類として準備しますが、選択は申告書上で行います。
【失念に注意】
認定住宅特別税額控除も住宅ローン控除も「申告必須」。申告しないと控除を受けられません。「面倒だから申告しない」は厳禁。
【繰越控除】
所得税で控除しきれなかった分は翌年の所得税から控除可能（1年限定）。住民税からの控除はなし（住宅ローン控除と異なる点）。
【適用後の認定取消し】
取得後10年以内に転売した場合は控除に影響しないが、長期優良住宅の認定取消し事由（増改築計画の不履行など）には注意。
まとめ
認定住宅新築等特別税額控除は、長期優良住宅・低炭素住宅・ZEH水準省エネ住宅の取得時に利用できる強力な税制優遇制度です。最大65万円の所得税控除が1回限り受けられ、住宅ローン控除との選択になります。住宅ローンを組む場合は通常ローン控除のほうが有利ですが、現金購入や借入額が少ない場合は認定住宅特別税額控除が有利になることも。長期優良住宅化には追加コスト100万〜200万円程度かかりますが、複数の税制優遇を組み合わせれば十分回収可能です。バナナハウスでは苫小牧市内の長期優良住宅対応の新築のご紹介もしておりますので、認定住宅取得をご検討の方はお気軽にご相談ください。
この記事は北海道苫小牧市の不動産仲介会社「バナナハウス株式会社」のコラムです。住宅の購入・売却・賃貸についてご相談はお気軽にお問い合わせください。
※本記事は2026年5月現在の一般的な情報に基づきます。実際の手続きや控除額は個別事情により異なるため、税理士・司法書士等の専門家にご相談ください。
