マイホームを売却して利益が出ると譲渡所得税がかかりますが、「3,000万円特別控除」を使えば税負担をゼロにできるケースも多くあります。短期・長期の税率差、相続不動産の特例、必ず必要な確定申告まで実例で解説します。
はじめに
マイホームを売却した時、買った値段より高く売れたら「譲渡所得税」がかかります。ところが「マイホーム特例」と呼ばれる3,000万円特別控除を使えば、多くの一般的な売却ケースでは税負担がゼロになります。一方、特例を知らずに普通に確定申告すると数百万円の税負担になることも。本記事では譲渡所得の計算式、長期・短期の税率差、知らないと損する特例制度を整理し、売却時の手続きまで具体例で解説します。
譲渡所得の計算式｜「もうけ」に税金がかかる
譲渡所得は「売却代金−（取得費＋譲渡費用）−特別控除」で計算されます。取得費は「買った時の代金＋諸費用」、譲渡費用は仲介手数料・印紙税・測量費・解体費など売却時にかかった経費です。
例えば、2,500万円で買った戸建を3,800万円で売却（仲介手数料約130万円、印紙税1万円）した場合、譲渡所得は3,800万円−（2,500万円＋131万円）＝1,169万円。これがプラスなら課税対象、マイナスなら原則非課税です。
注意すべきは「取得費が分からない」ケース。古い物件や相続で取得した場合、購入時の契約書や領収書が見つからないことがあり、その場合「売却代金の5％」を取得費とする概算法が適用されます。例：1,000万円で実際に買ったのに、書類紛失で5％＝50万円としか認められないと、譲渡所得が950万円も多く計算され、税額が約190万円増えるケースもあります。契約書・領収書は必ず保管しましょう。
短期譲渡と長期譲渡｜所有期間で税率が2倍違う
譲渡所得税の税率は所有期間で大きく変わります。
【長期譲渡所得】所有期間5年超：所得税15％＋復興特別所得税0.315％＋住民税5％＝合計20.315％
【短期譲渡所得】所有期間5年以下：所得税30％＋復興特別所得税0.63％＋住民税9％＝合計39.63％
所有期間は「売却した年の1月1日時点」でカウントされます。2020年11月に購入した家を2026年中に売却する場合、2026年1月1日時点で所有期間5年1か月（≒6年とは言わない）になるかは要注意。実際は5年と1か月ですが税法上は「2020年〜2026年」を年単位で数えるため、5年超扱いになります。一方、2021年2月購入なら2026年1月1日時点で4年11か月→短期譲渡となり、税率が2倍になります。1年売却を遅らせるだけで税額が半分になる可能性があるので、所有期間の確認は非常に重要です。
マイホーム特例｜3,000万円特別控除と買換特例
マイホーム（居住用財産）の売却には複数の特例があります。
【3,000万円特別控除】居住用財産を売った場合、譲渡所得から最大3,000万円を控除できます。先ほどの例（譲渡所得1,169万円）なら全額控除されて税額ゼロ。所有期間の長短を問わず適用可能なので、ほとんどの自宅売却ではこの特例だけで税負担がなくなります。
【軽減税率の特例】所有期間10年超のマイホームは、3,000万円控除後の課税所得6,000万円以下の部分につき、所得税10％＋住民税4％（合計14.21％）に軽減されます。長期譲渡20.315％より約6％低くなります。
【特定居住用財産の買換え特例】10年超所有・住み替えで一定要件を満たすと、課税を将来の売却時まで繰り延べできます。ただし3,000万円控除との併用は不可。一般には3,000万円控除＋軽減税率の組み合わせのほうが有利です。
【相続空き家の3,000万円控除】親から相続した実家を、相続開始から3年経過する年の年末までに売却すると、3,000万円控除が使える特例があります（耐震基準適合または取り壊し売却が要件）。
譲渡損失が出た場合の救済｜損益通算と繰越控除
逆に売却で損失（譲渡損失）が出た場合、マイホームなら一定要件下で給与所得など他の所得と損益通算でき、引ききれない分は翌年以降3年間繰り越せます。例：給与年収700万円の人が、住み替えで譲渡損失600万円が出た場合、その年の所得が100万円扱いとなり、所得税・住民税が80〜100万円還付される可能性があります。
譲渡損失特例には「買換え特例」と「特定居住用財産特例（売却のみ）」の2つがあり、いずれも所有期間5年超・住宅ローン残債超過等の要件があります。住宅ローン残高より低い価格で売却して損が出る場合は、ぜひ活用したい制度です。
確定申告は売却した翌年の2月16日〜3月15日。e-Taxなら24時間提出可能で、3,000万円控除も同じく申告が必要です（自動適用ではない）。申告漏れに注意しましょう。
まとめ
マイホーム売却の譲渡所得税は「3,000万円特別控除」「10年超所有の軽減税率」を活用すればほとんどのケースで負担ゼロまたは大幅軽減が可能です。所有期間が5年に近いタイミングでは1年延ばすだけで税額半減も。逆に損失が出た時も損益通算で還付を受けられます。いずれも確定申告が必須なので、売却前に税理士や宅建士と試算しておきましょう。バナナハウスでは売却査定から税金相談まで一貫対応しています。
この記事は北海道苫小牧市の不動産仲介会社「バナナハウス株式会社」のコラムです。住宅の購入・売却・賃貸についてご相談はお気軽にお問い合わせください。
※本記事は2026年5月現在の一般的な情報に基づきます。実際の手続きや控除額は個別事情により異なるため、税理士・司法書士等の専門家にご相談ください。
